В 2011 году группа сталкеров подобралась очень близко к
центру Зоны. В результате случился сильнейший Выброс, который полностью
изменил Зону. Там, где ранее были безопасные территории, появлялись
аномалии, в результате чего целые отряды сталкеров оказывались запертыми
среди них и погибали. Вместе с тем от аномалий освобождаются
территории, о которых ранее ничего не было известно. В результате
разгорается вражда между группировками за новые территории, поля
артефактов и сферы влияния. Начинается война группировок. Однако Зона
остаётся такой же нестабильной, её часто сотрясают выбросы. Эти и
последующие события описывает данная игра. Главным героем является
наёмник по имени Шрам. Он вёл через болота группу учёных с лагеря на
Янтаре, когда произошёл Большой Выброс. Все члены группы погибли, однако
наёмник выжил. Он был найден на железной дороге сталкерами группировки
«Чистое небо» — секретной группировки, которая изучала Зону и причины её
появления. Сталкеры доставили тело Шрама на базу группировки, где он
пришёл в себя.
S.T.A.L.K.E.R. Чистое небо — приквел к первой части, вышел в августе 2008 года.
